1.产权：在产权方面，小产权房只具备部分产权，所谓的部分产权，就是只强调永久使用权和继承权，而对收益权和处分权的行使则限定在一定范围之内。比如说经济适用房，它就属于小产权房，这种房屋购房者可以继承和出售，但出售要在购买5年以后才能进行，并且售房的收入在扣除相关税费后，按个人与单位或政府各自所占的产权比例进行分配。所以在收益方面并不是说卖出的钱都是自己的。
大产权房具备全部产权，也就是拥有了房屋、住宅的占有权、使用权、收益权和处分权。比如商品房。
2.土地出让金：在房屋进行转让时，大产权房即商品房不用再缴土地出让金，深圳小产权房即经济适用房要补缴土地出让金。
3.发证机关：大产权房的发证机关是国家，而小产权房的发证机关是乡镇政府，并且产权证得不到国家的认可。
4.价格：深圳小产权房价格要比大产权房价格低，一般仅是同地区商品房价格的1/3甚至更低。这也是很多人愿意冒着风险购买的原因。
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