1、价格优势明显
小产权房建设在集体土地上，这些集体用地的地理位置相对偏远，一般位于城市郊区甚至远郊区，本身土地价值比较低。再加上不必缴纳国有土地出让金和相关税费，因而小产权房建设的土地成本极低。
2、产权不完整
小产权房并不是真正意义上的商品房，不能上市交易，而且国家也不承认并不予办理过户登记手续。此外依照相关法律政策规定，小产权房买卖合同属于无效合同，农民将房屋卖给城镇居民的买卖行为不能得到法律认可和保护，不能办理土地使用权证、房屋产权证、契税证等合法手续。没有“二证”，既无法律保障，也不可以上市交易。严格上来讲，小产权本质上是无产权。
3、不合法性
深圳小产权房建设在农村集体土地之上，不符合现行土地管理法的规定。农村集体土地使用权是该集体组织成员的专有权利，与农民特定身份相联系，是不能出让、转让的。目前利用农村集体土地建造房屋出售给城镇居民的行为是违法的，小产权房买卖合同本身是无效的，小产权房购买者获得的乡镇产权证或村集体组织相关证明文件并不具有法律效力。
4、法律风险大
利用国有土地从事商品房开发建设，需要具备“五证”，即国有土地使用证、规划许可证、规划工程许可证、施工许可证和商品房预售许可证。而小产权房开发建设很多是村民个人、乡(镇)村集体或一些房地产开发资质不完全具备的公司投资建设的，也没有经过规划、国土、建设等主管部门审批，在房屋质量、物业管理、配套设施、水电煤气等方面都可能存在问题。更重要的是，由于缺乏房屋产权证和土地使用权证，小产权房购买者的权益不能得到法律有效保护，根据《土地管理法》、《合同法》、《物权法》相关规定，深圳小产权房买卖合同属于无效合同，购房者从乡镇或村委会获得的所谓房屋“所有权”不能正常行使，在转让、继承、抵押、拆迁补偿等方面均会受到较大的限制，相关权益难以得到保障。这些都是非常重大的隐患和风险。
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